とある回廊、とある空間。
博麗霊夢は、戦いに敗れて気を失う。気がつけば、そこは博麗神社。……何も思い出せない。そもそも何をしていたのだろう？
気を取り直した霊夢は、友人の霧雨魔理沙と共に異変解決へと向かう。……そう、霊夢は幻想郷を救わなくてはいけない。
過去に彼女自身が解決したような、数々の“異変”から。————霊夢は自身の運命を、何も知らない。
◆レベル継続＆転移機能 ― 倒されても大丈夫！直後から再プレイ冒険の途中でやられて博麗神社に戻されてしまった！？せっかくの合成で強くした装備や、霊夢自身のレベルが台無しに……。そんな場面でも、安心してください！ストーリーダンジョン内では、所持しているアイテムや現在のレベルがそのまま継続されます。更に、既に通過した途中の特定場所まで“ファストトラベル”をすることも可能です。
◆仲間との出会いが霊夢を強くする！ ― キャラクターのステータス底上げ異変を解決したり、人里でキャラクターの悩みを解決したり……。幻想郷の住人との出会いに応じて、基礎ステータスを底上げすることができる“ボード”が獲得可能になります。ゲームを進行させつつ、キャラクターを強化していきましょう！
◆博麗神社をより豪華に！ ― 拠点に投資してしっかり拡張神社に居着いた伊吹萃香にお願いして、ボロボロになった神社を復興させましょう。建物や設備に投資して、旅の利便性をアップ！
◆生まれ変わったキャラクタービジュアルや武器防具登場するキャラクターや装備のグラフィックは、全て今作もほぼすべて新規描き下ろし！生まれ変わった彼女たちの活躍に注目しよう！
さぁ今こそ、その不思議を探しに行こう！