▼第1話/追跡、そして…▼第2話/赤井の過去▼第3話/イチかバチか…▼第4話/擬装▼第5話/最終手段▼第6話/任務▼第7話/姉弟▼第8話/意外な容疑者▼第9話/13日の金曜日▼第10話/キャメルの過去▼第11話/魔法の呪文
●主な登場人物/江戸川コナン(見かけは小学生だが、その正体は「黒の組織」に毒薬を飲まされて体が小さくなった高校生名探偵・工藤新一)、毛利蘭(新一の幼なじみ。帝丹高校2年)、毛利小五郎(蘭の父親で探偵。コナンのおかげで“眠りの小五郎”として有名に)●あらすじ/水無怜奈の居場所を黒の組織にかぎつけられ、入院先の病院に組織の手先が潜伏していることが発覚。コナンとFBIの赤井は、すでに入院患者の中から楠田という男を容疑者に絞り込み、その夜、彼がナースステーションで物色し始めたところを大勢のFBIが取り囲む。だが、楠田は首に爆弾を巻いており、捜査官がひるんだすきに、まんまと逃亡されてしまい…?(第1話)●本巻の特徴/水無怜奈を奪還すべく、本格的に動き出した黒の組織! これに対し、コナンと赤井が立てた巧妙な作戦とは…? 赤井秀一の意外な過去や、水無怜奈の新事実も明らかになる全11話。●その他の登場人物/小嶋元太・吉田歩美・円谷光彦(コナンの同級生たち。少年探偵団を結成)、灰原哀(新一が飲まされた毒薬の開発者だが、自らも薬を飲んで「黒の組織」から逃亡。阿笠の家に居候中)、阿笠博士(工藤家の隣りに住む科学者。新一とコナンが同一人物だと知っている)、水無怜奈(日売テレビのアナウンサー。実は黒の組織の一員)、ジェイムズ・ブラック、ジョディ・スターリング、赤井秀一、アンドレ・キャメル(黒の組織を追うFBI捜査官)