データ解析をはじめようか迷っているあなたへ
環境設定からコマンドライン操作まで本書でイチからマスターしよう！

ビッグデータの解析に欠かせないコマンドラインの実践書、待望の改訂。今版はMacのみならず、Windows、Linuxの各OSに対応。「実際に解析ができるようになる」ために、解析ソフトウェアのインストールから、解析用に用意されたダミーデータを使用したコマンドの打ち込みを行い、データ解析を丸ごと体験できる。よくある疑問や陥りがちな誤りにも言及された初学者からベテランまで必携の一冊。

『生命科学者のためのDr. Bonoデータ解析実践道場』（以下，道場本）を令和元年の2019年に上梓してからはや4年となる。その間にコロナウイルスの蔓延だけでなく，この本の内容を実践する「バイオインフォマティクス」の授業を持ち，リアルに「Dr. Bono道場」を実践することになっただけでなく，Dr.BonoからProf.Bonoとなり自らの研究室（bonohulab）を開くなど，大きな変化が起きた。毎年4月から8月にかけて，道場本を教科書に「bonohulab道場」を毎週開催している。早いもので，それも今年度（2023年度）で3回目となった。

その間，Windows上でLinux環境を実現するWindows Subsystem forLinux（WSL）のバージョン2であるWSL2が実用的になり，bonohulabでも複数台のシステムを維持しており実際の配列データ解析に多用されている＊。また，Macに関してもCPUが独自開発のApple silicon（M1やM2とも呼ばれる）になり，Rosetta 2 を介した互換性があるものの，これまでのBiocondaによるプログラムの導入方法ではうまく動かないケースが出てきた。さらにmacOSのアップデートに伴うセキュリティ対策強化の結果，有名どころのバイオインフォマティクスツールであっても「認証ソフトウェア」とはなっておらず，その結果，ダウンロードしてきて実行すると未認証としてブロックされ，これまで流布している手順ではうまくいかないことも多々起こっている。

しかしながら，この状況に対応した書籍は今のところ出版されてはいない。もちろん，ネット上にはさまざま情報があり，それをうまく集めれば多くの場合解決するだろう。しかし，アップデートの激しいこの分野においては，さまざま時期に書かれた情報があふれている結果，どれを信頼して良いかの判断も難しいのが実情である。2020年代の今，2010年代よりもむしろ参入障壁は高くなっているのではないだろうか。

そこで，初版の出版以来，実に4年ぶりに参加した2022年12月の日本分子生物学会年会で道場本の改訂が可能なものか，版元であるMEDSi（株式会社メディカル・サイエンス・インターナショナル）の編集者・星山さんと相談した。その結果，上述の状況があることを受け，「データ解析道場」として，より初心者に配慮した本として改訂版を作成することとなった。Applesilicon Macのみならず，これまでのIntel Mac，さらにはWindows（WSL2）での学習も視野にいれた本にしようと，分生の終了直後から改訂に取り組みはじめたのだが，その道のりは決して平坦ではなかった。

まず，Apple siliconでの解決法の模索である。多くはHomebrewの併用でなんとかなったが，なんともならないプログラム（HMMERやsalmonなど）もあった。それらに対してはDockerの使用で乗り切る方策を付記した。これまでのデフォルトであったIntel Macと，それに加えて利用者の増えているWSL2での動作確認も一通り行った。また，これまで紹介していたデータベースも使えなくなっているものが複数あり（PfamやEnsembl Biomart上でのKEGGなど），それに対する対応も多数行った。この4年余りでこんなにも変わっていたのか，とその変化に驚かされた。まさに「諸行無常」である。

改訂にあたり，bonohulabで学位取得第一号となった小野擁子博士にはJupyter Notebookのコードの実例を提供していただくなどお世話になった。また，大学院生時代に初版でデータ解析を勉強したというbonohulabの大貫永輝さんにはかつてのユーザー目線での数々の助言をいただいた。彼以外の多数の読者，特に広島大学ゲノム編集先端人材育成プログラム（卓越大学院プログラム）の「バイオインフォマティクス」の受講者には，初版の不具合に気づくきっかけを与えていただいた。最後に，実際にbonohulab道場に参加した研究室メンバーとの日常のディスカッションがヒントとなって今回の改訂でのさまざまなコンテンツになっている。ここに御礼申し上げる。

2023年初夏 梅雨明けが待ち遠しい，東広島にて
坊農秀雅

Dr. Bono のデータ解析8 箇条

1 章 準備編
1.1 コンピュータを買おう
1.2 コンピュータをセットアップしよう
1.3 周辺機器の設定
2 章 基礎編
2.1 UNIX コマンドラインを使ってみよう
2.2 コマンドラインの基本操作
2.3 シェルプログラミングのための環境構築
2.4 ネットワークを介して遠隔のコンピュータを操作する
2.5 公共データベースからのデータ取得
3 章 実践編
3.1 ゲノム配列解析の初歩
3.2 配列類似性検索
3.3 系統樹作成
3.4 タンパク質構造解析
3.5 トランスクリプトーム解析
3.6 データ統合解析